Édifié dans la courbe du grand Rhône, au point exact où l'axe de la coulée du fleuve rejoindrait sur la carte le Cardo de la ville antique, l’ancien Grand-Prieuré de l’Ordre de Malte, bâti à la fin du XVe siècle, a toutes les données d'un lieu historique. Aujourd'hui, le musée peut compter sur une collection permanente solide où le travail de Jacques Réattu est à l'honneur.

En découvrant les premiers fragments de bois du chaland Arles Rhône 3 en 2004, les archéologues du Département des recherches en archéologie sous marine (ministère de la culture) ne se doutaient pas qu’une opération en tout point exceptionnelle allait voir le jour six ans plus tard, à l’initiative du Département des Bouches-du-Rhône.